Struktur e-KTP terdiri dari sembilan layer yang akan meningkatkan pengamanan dari KTP konvensional. Chip ditanam di antara plastik putih dan transparan pada dua layer teratas (dilihat dari depan). Chip ini memiliki antena didalamnya yang akan mengeluarkan gelombang jika digesek. Gelombang inilah yang akan dikenali oleh alat pendeteksi e-KTP sehingga dapat diketahui apakah KTP tersebut berada di tangan orang yang benar atau tidak. Untuk menciptakan e-KTP dengan sembilan layer, tahap pembuatannya cukup banyak, diantaranya:

1. Hole punching, yaitu melubangi kartu sebagai tempat meletakkan chip
2. Pick and pressure, yaitu menempatkan chip di kartu
3. Implanter, yaitu pemasangan antenna (pola melingkar berulang menyerupai spiral)
4. Printing,yaitu pencetakan kartu
5. Spot welding, yaitu pengepresan kartu dengan aliran listrik
6. Laminating, yaitu penutupan kartu dengan plastik pengaman

e-KTP dilindungi dengan keamanan pencetakan seperti relief text, microtext, filter image, invisible ink dan warna yang berpendar di bawah sinar ultra violet serta anti copy design.

Penyimpanan data di dalam chip sesuai dengan standar internasional NISTIR 7123 dan Machine Readable Travel Documents ICAO 9303 serta EU Passport Specification 2006. Bentuk KTP elektronik sesuai dengan ISO 7810 dengan form factor ukuran kartu kredit yaitu 53,98 mm x 85,60 mm.